【重磅】我國首篇新生兒感染領域mNGS臨床應用專家共識發布!

23 June 2022

[寶藤生物]

2022年6月,我國首篇新生兒感染領域mNGS臨床應用專家共識——“宏基因組二代測序技術在新生兒感染性疾病中的臨床應用專家共識”重磅發布。

近年來基于高通量測序平臺的宏基因組二代測序(mNGS)技術在新生兒感染性疾病領域得到了廣泛應用。為了更加規范mNGS技術在新生兒重癥監護病房的應用,中華醫學會兒科學分會新生兒學組和中華兒科雜志編輯委員會組織專家以國內外循證醫學證據和最新進展為基礎,從mNGS技術的臨床適應證、標本采集與轉運、報告解讀等方面給出建議。共識的發布對提高mNGS的診斷質量,規范其在新生兒感染性疾病領域的臨床應用具有重要意義。

一、mNGS在NICU感染性疾病中的應用

共識1

患兒具有急危重癥表現,不除外感染,或有繼發或并發危及生命的嚴重感染,需要盡快明確病原體,建議常規檢測的同時送檢mNGS。

共識2

高度懷疑患兒存在新生兒血流感染甚至敗血癥時,若經驗治療3天效果不佳且常規微生物學檢查送檢陰性,建議調整經驗抗微生物治療方案的同時采集血液樣本送檢mNGS。推薦DNA測序作為血流感染的首選檢測方法,在高度懷疑RNA病毒感染的情況下可同時進行RNA測序。

共識3

對于疑似中樞神經系統(central nervous system,CNS)感染的患兒,條件允許的情況下建議留取常規、生化及微生物檢查所需腦脊液的同時留取mNGS所需腦脊液,若腦脊液檢查結果提示常規和(或)生化指標異常且常規微生物檢測陰性且經驗性抗感染治療3天無效,建議立即送檢mNGS。

共識4

對于疑似呼吸道感染的重癥患兒,常規微生物檢查(培養或核酸檢測)陰性且治療3天無效,可送檢mNGS,應同時進行DNA及RNA測序。樣本類型優先選擇肺泡灌洗液,其次考慮氣管插管下獲得痰液及鼻咽拭子樣本。

共識5

疑似新發病原體、臨床上提示可能有一定的傳染性,或者疑似特殊病原體或罕見病原感染,常規微生物檢測方法陰性,建議盡快完善mNGS。

共識6

疑似存在混合感染,常規微生物檢查結果不能解釋臨床表現的全貌或抗感染治療的反應,經驗性治療3天無效時,建議進一步完善常規檢測的基礎上,開展mNGS。

共識7

出現某種感染性疾病的聚集性發病或者疑似院內感染暴發,在常規快速檢測不能明確病原時,建議開展mNGS。

共識8

疑似局部感染,如眼部(角膜炎或潰瘍、眼內炎、急性視網膜壞死等)、鼻部、耳部或局部蜂窩織炎等,在常規微生物檢測未能明確病原情況下,可開展mNGS。

共識9

由于各種原因導致的胸腔積液及腹腔積液,在送檢常規生化及培養的同時留取胸、腹腔積液樣本,若常規、培養陰性或經驗性抗感染治療3天無效,仍懷疑感染所致者,建議立即送檢mNGS。

共識10

對于mNGS檢測陰性但臨床高度懷疑感染的患兒,必要時再次取樣復查mNGS。

共識11

對常規微生物學檢查容易明確病原體且經驗治療通常有效的感染,不建議常規進行mNGS檢測。不建議應用mNGS評估抗感染治療效果。

新生兒重癥監護病房感染性疾病患兒送檢宏基因組二代測序流程

注:a呼吸道感染優先選擇肺泡灌洗液,再考慮痰液和鼻咽拭子樣本;b推薦DNA測序作為血流感染的首選檢測方法,RNA病毒感染不除外的情況推薦RNA測序;對于呼吸道感染,同時進行RNA和DNA測序;對于中樞神經系統感染,在排除病毒感染的情況下,優先進行DNA測序;當懷疑病毒感染或臨床表現復雜,無特定懷疑方向時,可同時進行RNA和DNA測序

二、標本采集和轉運

共識12

各類型樣本采集需要無菌操作,血液、高凝狀態的胸腔積液、腹腔積液、腦脊液樣本,采集后需上下顛倒混勻5~10次。非血液標本采集通常采用帶螺旋蓋的無菌凍存管,但預期可能凝集的標本及血液樣本需采用專用采血管。所有樣本采集完成后,均需要封口膜密封,條碼標記。

共識13

推薦直接從患兒感染部位的體液或組織中采集樣本。

共識14

患兒存在感染表現但病情危重或不能耐受有創操作時,可考慮采集患兒的血液標本進行常規微生物方法檢測的同時送檢mNGS。

三、報告解讀

共識15

mNGS檢測報告應參考檢測方法的數據和檢出病原序列數量、基因組覆蓋度、微生物豐度等指標,結合標本采集部位、檢出病原的致病特性以及患兒臨床資料進行個體化解讀。

共識16

源于微生物正常定植部位的標本(例如支氣管肺泡灌洗液),鑒別檢出序列是屬于致病微生物、污染物,還是定植菌群較為困難,應綜合患兒臨床表現及輔助檢查綜合判斷。

共識17

在新生兒群體中謹慎應用mNGS進行耐藥基因檢測。只有標本來源于無菌區(如血液、腦脊液)且標本采集過程污染概率極低時,可考慮檢測耐藥基因。建議檢測單位選擇篩選具有重要臨床意義的耐藥基因進行報告,意義不明確、干擾臨床解讀的耐藥基因應慎重報告;建議臨床對報告的耐藥基因慎重解讀,綜合報告病原菌、患兒基本情況、臨床藥敏結果等多個因素進行判斷。

寶藤PPmeta?感染宏基因組檢測

寶藤PPmeta?感染宏基因組檢測可直接對樣本中的核酸進行高通量測序,鑒定樣本中可能存在的病原菌,輔助臨床決策。

目前PPmeta?覆蓋細菌、真菌、病毒、寄生蟲、衣原體、立克次氏體、螺旋體等17822種微生物;同時提供耐藥基因檢測,目前涵蓋了266種耐藥菌,可分析2984種抗生素抗性基因。


參考文獻:

1、中華醫學會兒科學分會新生兒學組, 中華兒科雜志編輯委員會. 宏基因組二代測序技術在新生兒感染性疾病中的臨床應用專家共識 [J] . 中華兒科雜志, 2022, 60(6) : 516-521. DOI: 10.3760/cma.j.cn112140-20220113-00046.