【專家共識】呼吸系統感染中宏基因組測序技術臨床應用與結果解讀專家共識

4 July 2022

[寶藤生物]

?近日,《呼吸系統感染中宏基因組測序技術臨床應用與結果解讀專家共識》于《中華臨床感染病雜志》重磅發布。

宏基因組二代測序(mNGS)已被廣泛應用于感染性疾病的病原檢測。然而,呼吸系統感染具有特殊性:病原組成復雜、標本類型選擇多樣、存在感染與定植、不同標本類型結果解讀原則不盡相同等。為規范臨床送檢適應證,選擇合適的送檢標本以及恰當地解讀報告, 胡必杰、王明貴等專家對上述問題進行討論并撰寫專家共識,以期為呼吸系統感染中mNGS技術臨床應用及報告解讀提供專業的指導和幫助。

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共識要點

一、呼吸系統感染臨床送檢適應證

以下送檢推薦,建議在送檢mNGS的同時送檢傳統微生物檢測。

推薦1:疑似下呼吸道感染(LRTIs)的危重癥患者,建議送檢mNGS。

推薦2:免疫功能抑制患者的呼吸系統感染,建議送檢mNGS。

推薦3:疑似慢性肺部感染或難治性感染,且既往治療效果不佳時,建議送檢mNGS。

推薦4:疑似呼吸道感染暴發且病原體不明,建議送檢mNGS。

推薦5:通過有創性操作獲取的組織標本,如經皮肺穿刺組織、經支氣管鏡肺活檢組織(TBLB) 及經超聲支氣管鏡淋巴結穿刺活檢組織(EBUS-TBNA)等,建議送檢mNGS。

推薦6:懷疑厭氧菌引起的肺膿腫、壞死性肺炎或其他肺部感染,建議采集避免口腔菌群污染的標本(如下呼吸道標本、經皮穿刺肺活檢組織及胸腔積液),送檢mNGS。

二呼吸系統感染送檢標本類型選擇

呼吸道感染標本類型的選擇首先需考慮從原發感染部位采集,LRTIs更為復雜,肺部病灶部位、形態、大小、咳痰質量、有創操作耐受情況等均會影響選取最合適的標本類型。

以下送檢推薦,建議在送檢mNGS的同時送檢傳統微生物檢測。

推薦7:懷疑感染的肺部彌漫性病變,建議首選支氣管肺泡灌洗液(BALF);若無法耐受有創性檢查,建議選擇誘導痰、咳痰或者經上呼吸道吸痰標本。

推薦8:懷疑病毒性LRTIs者,建議同時送檢下呼吸道標本進行DNA+RNA檢測。

推薦9:疑似病毒性LRTIs者,若無法獲得下呼吸道標本,建議采集鼻咽拭子或外周血送檢mNGS。

推薦10:對于肺部外周性病灶、局限性病灶或縱膈、縱膈/肺門淋巴結腫大,應根據病灶的特點,個體化選擇有創性操作方式獲取組織送檢。

推薦11:對于疑似肺部感染而無法取得呼吸道標本患者,建議采集外周血送檢mNGS。

推薦12:對于肺部病灶疑似為全身疾病累及的患者,建議采集其他局部病灶作為次選標本,送檢mNGS。

三、呼吸系統感染mNGS檢測結果解讀

如何有效精準地解讀呼吸道標本mNGS結果已成為臨床醫師關心的重點問題,呼吸系統標本mNGS檢測結果解讀需遵循以下原則:

(1) 檢出結果需結合臨床表現、實驗室檢查、及胸部影像學;

(2) 檢出結果需結合其他傳統微生物報告,并通過其他檢測技術進行交叉驗證;

(3) 結合檢出微生物的種類、特異性序列數及相對豐度判斷其為致病菌、定植菌還是背景菌;

(4) 若單一標本無法判定是否致病微生物,有條件情況下可結合多個不同類型標本的檢測結果判斷。

推薦13:若痰標本或BALF檢出上呼吸道常見定植微生物,如草綠色鏈球菌、奈瑟菌屬、嗜血桿菌屬、普雷沃菌屬、韋榮球菌屬、羅氏菌屬、凝固酶陰性葡萄球菌、腸球菌屬、念珠菌屬等,考慮定植可能大。

推薦14:若痰標本或BALF檢出不存在或很少存在于口腔的病原體,如嗜肺軍團菌、衣原體、百日咳博德特氏菌、白喉棒狀桿菌等,考慮致病微生物可能大。

推薦15:若呼吸道標本檢出結核分枝桿菌復合群(MTBC,包括MTB、卡內蒂分枝桿菌、非洲分枝桿菌和牛分枝桿菌),即使序列數極少,仍需考慮其為致病微生物的可能。

推薦16:若呼吸道標本檢出NTM,需結合所檢出分枝桿菌屬排名情況及種的類別,如常見致病的鳥胞分枝桿菌復合群、膿腫分枝桿菌復合群、堪薩斯分枝桿菌,考慮其為致病微生物的可能。

推薦17:若呼吸道標本檢出隱球菌屬、曲霉屬、毛霉屬及其他絲狀真菌,若檢出序列數較低,需結合影像學、血清學、組織病理學等考慮其為致病微生物的可能。

推薦18:醫院獲得性肺炎/呼吸機相關肺炎(HAP/VAP)患者若檢出院內感染病原體,如鮑曼不動桿菌、銅綠假單胞菌、肺炎克雷伯菌及嗜麥芽窄食單胞菌等條件致病菌,需要將檢出序列數、相對豐度與機械通氣、臨床信息、影像學證據綜合考慮是否為致病微生物。

推薦19:免疫功能抑制患者的呼吸系統感染檢出的低毒力病原體,需考慮致病微生物可能大。

推薦20:mNGS如檢出高傳染性或高致病性病原體,無論特異性序列數多少都應充分重視,需對檢測結果進行復核以及使用其他檢測技術驗證。

推薦21:呼吸道標本若檢出環境中廣泛存在的微生物時,需考慮標本處理過程中的污染。

推薦22:呼吸系統標本若檢出大量口腔厭氧菌,需結合患者的病史、標本類型,必要時結合文獻資料綜合判讀。

推薦23:若2種類型呼吸道標本或1種呼吸道標本與1種非呼吸道標本同時檢出同一病原體,需考慮有臨床意義。

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文章來源:中華醫學會細菌感染與耐藥防治分會. 呼吸系統感染中宏基因組測序技術臨床應用與結果解讀專家共識[J]. 中華臨床感染病雜志, 2022, 15(2):90-102. DOI:10.3760/cma.j.issn.1674-2397.2022.02.002.

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